La Subdirección General del INEES actúa como Coordinación General.

1. Ministerios

Ministerio de Relaciones Exteriores

• • Academia Diplomática.

Ministerio de Gobernación

• • Unidad de Capacitación

• • Subdirección General de Estudios y Doctrina de la Policía Nacional Civil

• • Escuela del Sistema Penitenciario

Ministerio de la Defensa Nacional

• • Consejo Superior de Educación del Ejército, COSEDE.

• • Dirección General de Política de la Defensa Nacional, DIGEPOL.

2. Secretarías

• • Secretaría de Inteligencia Estratégica del Estado, SIE.

• • Secretaría Técnica del Consejo Nacional de Seguridad, STCNS.

• • Secretaría de Asuntos Administrativos y de Seguridad, SAAS.

3. Otras Instituciones

• • Instituto Nacional de Estudios Estratégicos en Seguridad, INEES.

• • Coordinadora Nacional para la Reducción de Desastres, CONRED.

• • Procuraduría General de la Nación, PGN.

• • Instituto Guatemalteco de Migración, IGM.

• • Inspectoría General del Sistema Nacional de Seguridad, IGSNS.